Заповедник образован 30 января 1925 г. по предложению заведующего кафедрой зоологии Белорусского университета проф. А.В.Фсдюшинй в 100 км севернее г. Минска, в верхнем течении р. Березина. Его создание на начальном этапе мотивировалось необходимостью восстановления в Беларуси численности многих видов охотничьей фауны, истреблённой в годы первой мировой войны, последующей разрухи и лихолетий.

Территория под заповедник была выбрана не случайно: именно здесь, в верхнем течении реки Березина с её многочисленными притоками, в местах с труднодоступными лесными и болотными массивами ещё сохранялись аборигенные популяции лося, медведя, кабана, бобра, выдры, евроиеной норки и других животных, многие из которых в Беларуси были к тому времени на грани исчезновения.

Исходная площадь "Государственного охотничьего заповедника в Борисовском округе" (так вначале именовался заповедник) была определена примерно в 60 тыс. га. Внешние границы его устанавливались по дорогам вдоль русла р. Березина на севере от посёлка Березино, на юге — до озера Малый Паличок.

Становление заповедника проходило в трудных условиях хозяйственной разрухи, отсутствия производственной базы, жилья, научных и технических кадров. Его охрану обеспечивали только 26 егерей лесников. Центральная усадьба заповедника была размещена за его пределами — в д. Звеняты Борисовского района. В 1927 г, она была перенесена в урочище Великая Река, в 1930 г. — в д. Крайцы. В 1928—30 гг. было проведено первое лесоустройство территории. Началось переселение 30 хуторов с территории заповедника.

Для организации в заповеднике биологической станции по изучению фауны и питомника по разведению животных (бобра, лося) в 1929 г. и по штатное расписание были введены должности биолога-охотоведа и препаратора. С этого времени в заповеднике начались планомерные научные исследования. Число его сотрудников постепенно увеличилось до 47 человек, а его руководитель переведен на должность директора.

С 1927 г. в заповеднике начался учёт медведя, лося, кабана, бобра, косули, барсука, выдры, проводилось уничтожение волка. Лесная охрана и общественность стали значительно строже охранять его территорию, контролировать соблюдение заповедного режима, развернули работу по популяризации идей охраны природы среди местного населения. Все эти мероприятия способствовали выполнению первоначальной стадии задачи — увеличению численности животных: уже в 1927 г. в заповеднике было 22 жилые хатки бобра, лося -— 26 особей, кабана — 3 особи; в 1932 г. — 46 хаток бобра, лося - 90 особей, кабана - 8 особей. Сегодня зги цифры кажутся малоубедительными, - но по тем временам такая плотность зверя по сравнению с не заповедными территориями представлялась значимой. К тому же следует иметь в виду, что ежегодно определённая часть изголовья животных естественным путём расселилась в смежные угодья и оказались за пределами проводимых учётов. Одновременно на биостанции начались опыты по одомашниванию лося (использовался в упряжке для передвижения в санях) и вольерному разведению бобра.

Во время Великой Отечественной войны заповедник становится крупным центром партизанского движения на севере Беларуси. На его территории постоянно базировались бригады "Железняк". "Дяди Коли", имени С.М.Кирова, “Старик” и другие боевые группы. Сопряженные с этим обстоятельства, военные действия, грабительская политика оккупационных властей нанесли заповеднику существенный ущерб, исчислявшийся суммой в 18.7 млн. рублей (в ценах 1941 г.). Были уничтожены все научные, архивные и коллекционные материалы, сожжены административные и жилые постройки.

После освобождения Беларуси в июле 1944 г. правительственным постановлением деятельность заповедника была возобновлена. Началось восстановление и новое строительство административных и жилых зданий, организованы охрана заповедных территорий, учеты диких животных, с 1949 г. возобновилась научная деятельность, в 1949—50 гг. проведено очередное лесоустройство. В то же время судьба Березинского заповедника, как и многих других территорий, не всегда оставалась ясной. Сплошные вырубки спелых лесов, диктуемый сиюминутными нуждами и мнимыми выгодами потребительский подход к его богатствам нанесли заповеднику такой силы удар, что его последствия не преодолены и поныне. Более того, в определённый период дальнейшее существование заповедника казалось уже невозможным. Особенно тяжёлые для него испытания пришлись на 1950-е годы.